O adolescente delinquente Takeru Narihira tem tido um sonho recorrente em que é perseguido por monstros, sempre resgatado por uma garota misteriosa. Apaixonado por ela, ele promete, em seu 1.999º encontro, que será ele quem a salvará da próxima vez. Mas um acidente de moto envia Takeru para Denji Heian-kyo — uma versão alternativa da antiga capital do Japão, com tecnologia futurista e lar da garota de seus sonhos, Tsukiyima, que não o reconhece.
No entanto, uma névoa negra logo desce sobre a cidade, petrificando os cidadãos e libertando monstros chamados oni. Somente os chamados onmyouji — feiticeiros que possuem poderes místicos e pilotam trajes mágicos “shikigami” — podem combatê-los. Quando a névoa retorna, Takeru descobre que possui estranhos poderes de transformação e pode resistir aos oni. Mas ele e Tsukimiya são finalmente mortos, e Takeru desperta em Denji Heian-kyo mais uma vez, desta vez duas semanas antes do aparecimento da névoa. Jurando proteger Tsukimiya a todo custo, Takeru promete se tornar um onmyouji e mudar o futuro.
